En cas de désaccord avec l'administration fiscale, plusieurs possibilités de recours permettent de trouver une solution à l'amiable. L'entreprise peut faire un recours gracieux, demander une transaction fiscale, solliciter le conciliateur fiscal départemental ou le médiateur des ministères économiques et financiers. Il existe des voies de recours spécifiques en cas de désaccord lors d'un contrôle fiscal.